Вся территория Гейгельского заповедника поделена на части глубокими долинами, по дну которых протекают бурные реки. Расположенное здесь озеро Гейгель, которое, кстати, и дало название парку — самое большое и красивое горное озеро Азербайджана.
Несмотря на время года и указанную календарем зиму, вода в нем и сейчас остается прозрачной. Фауна озера в основном представлена форелью, и хозяйственное значение озера ограничивается спортивным рыболовством.
Всего на территории заповедника имеется восемь крупных озер, среди них Маралгель, Зялильгель, Гарагель и другие. Как и Гейгель, они окружены горами, а пейзаж у каждого озера разнообразен и живописен.



